В Minecraft игрок изначально появляется в обычном мире (англ. The Overworld), однако, кроме этого мира, есть ещё два параллельных измерения, которые опаснее и враждебнее по отношению к игровому персонажу — Незер (англ. The Nether) и Энд (англ. The End), в которые можно попасть через специальные порталы.

Незер — опасное измерение с уникальными ресурсами и лавовыми морями. Если игрок зайдёт в Незер, пройдёт какое-либо расстояние там и вернётся в обычный мир, то он переместится на гораздо большее расстояние. Таким образом можно совершать быстрые путешествия. В Незере игрок может построить тотем из ингредиентов, которые находятся в этом измерении, чтобы призвать одного из боссов игры — Визера (англ. Wither).

Энд — мрачное пустынное место, в котором находится совокупность островов, парящих в пустоте. На центральном из них обитает Эндер-дракон (англ. Ender Dragon) — самый сильный противник в Minecraft, который может считаться финальным боссом. Для того, чтобы попасть в Энд, игроку нужно найти крепость самому или с помощью особых предметов — эндер-жемчугов (англ. Ender Pearl), которые указывают направление к этой крепости. Эндер-жемчуга игрок может получить при убийстве эндерменов (англ. Enderman) — существ, нейтральных по отношению к игроку до тех пор, пока он на них не посмотрит. Если победить Эндер-дракона, то игроку будет показана «Поэма Энда» — завершающий рассказ, написанный ирландским писателем Джулианом Гофом; «Поэма» представляет собой философский диалог между двумя оппонентами.

Однако на этом игра не завершается — потом игрок может вернуться в обычный мир через портал и продолжить игровой процесс